西周前，屬揚州域。

春秋，為百越之地。

戰國，先屬越、后屬楚。

秦統一后，屬九江郡。

漢高帝六年（前201年），設置贛縣后，湖邊歸屬贛縣。

民國元年（1912年）后，湖邊仍歸贛縣管轄；民國十七年（1928年），設區保制，區下設保；民國二十四年（1935年），改屬贛縣第二區第八、九、十聯保；民國二十八年（1939年），改聯保為鄉，屬贛縣第二區水西鄉；民國三十八年（1949年）8月14日，仍歸贛縣，后取消保甲制，設區鄉村制，同年9月，成立水西區。

1950年，改名湖邊區。

1958年，撤銷湖邊區，成立紅旗公社，撤鄉設立湖邊管理區，撤并村設立17工區。

1961年4月14日，屬贛州市。

1963年，撤銷湖邊管理區。

1968年11月，湖邊公社由30生產大隊合并為17生產大隊。

1978年1月10日，湖邊公社劃屬贛州市。

1984年4月18日，湖邊公社改名湖邊鄉。

1989年12月，調整鄉鎮級政區，析設哈湖鄉。

1996年，湖邊鄉楊梅、大平村劃歸贛州市黃金嶺經濟開發區（今贛州開發區）。

1998年8月，撤銷湖邊鄉，設立湖邊鎮。

2000年5月，湖邊鎮螺田村、龍嶺村袁屋組劃歸贛州開發區。

2001年8月，蛤湖鄉并入湖邊鎮。

2008年9月，湖邊鎮劃入贛州開發區，劃出橫江、坳頭、蛤湖、永安、窯背、上禾、窯下7村給章貢區水西鎮。