1949年前屬橫涌鄉和船灣鄉；1949年屬十一區橫涌鄉和船灣鄉；1952年為十二區；1955年改為侯家崗區；1958年屬蓮花山墾殖場（區場社合一）；1961年又設立侯家崗區；分設橫涌、新村、城墩、高沙公社和分場；1964年撤區將所轄地分別劃歸為蓮花山墾殖場和枧田街公社；1968年為蓮花山公社（場社合一）；1972年將蓮花山公社改名為侯家崗公社；1984年撤社設侯家崗鄉；名稱沿用至今。

2006年軍民水庫管理局管轄的爐下、橫河兩村委會劃歸侯家崗鄉。