東漢建安四年（199）設立巴丘鎮，三國吳寶鼎二年（267）縣境重置巴丘縣，縣名巴丘縣，后避諱孔丘名，改名巴邱。

明嘉靖五年（1526）又設峽江縣，縣治巴邱。

中華人民共和國成立后，仍為縣治，設巴邱鎮。

1968年并入巴邱公社；1970年從巴邱公社分出，改名城鎮公社；1972年又并入巴邱公社，至1975年從巴邱公社分出，恢復巴邱鎮；經國務院批準，1997年7月1日峽江縣人民政府駐地由巴邱鎮搬遷至水邊鎮。

2001年12月巴邱鎮與巴邱鄉合并組成巴邱鎮，地名沿用至今。