明清時期，干洲片屬從善鄉，崗前片屬建康鄉。

1929年，建康鄉屬一區三溪聯保，從善鄉屬一區干洲聯保。

1932年，建康鄉改屬一區六分鄉（后改界竹鄉），從善鄉改屬六區干洲鄉。

1935年，干洲鄉屬一區，界竹鄉未變。

1945年，界竹、六分、干洲被分別設鄉。

1946年，六分鄉并入界竹鄉，干洲未變。

1949年建康鄉屬三區界竹鄉，從善鄉屬三區干洲鎮。

1956年，界竹鄉被拆分為屬赤岸區的赤墎鄉和三溪鄉，干洲鎮仍屬赤岸區。

1957年，赤墎鄉和三溪鄉合并為崗前鄉，干洲鎮改稱干洲鄉。

1958年，崗前、干洲兩鄉合并為干洲人民公社。

1961年又拆分為崗前和干洲兩個人民公社。

1968年合并為干洲人民公社。

1983年冬，干洲人民公社改稱干洲鄉。

1986年4月干洲鄉改稱干洲鎮。