明初已形成街市，即稱岔廟。

清代中期，街西頭又有吳姓地主興集，稱吳集。

清末，岔廟、吳集合稱岔廟街。

清代即建有岔廟鎮(zhèn)。

民國初岔廟鎮(zhèn)屬金岔市，民國18年（1929）屬第四區(qū)，民國23年后屬第三區(qū)。

漣水縣抗日民主政府于民國31年8月建岔廟區(qū)，1956年2月撤銷，分屬高溝、灰墩、王集三區(qū)。

1957年12月，撤區(qū)并鄉(xiāng)時由洪濱、岔廟鄉(xiāng)和惠民、金圩鄉(xiāng)的部分組成岔廟鄉(xiāng)。

1958年9月，成立岔廟公社。

1967年改名為紅星公社，1981年10月恢復(fù)岔廟公社。

1983年6月改稱岔廟鄉(xiāng)。

2000年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，與河網(wǎng)鄉(xiāng)合并為岔廟鎮(zhèn)。

2002年，原河網(wǎng)鄉(xiāng)從岔廟鎮(zhèn)劃出。

2001年實行并村聯(lián)組，2013年大興村劃歸高溝鎮(zhèn)，現(xiàn)全鎮(zhèn)有1個居委會，16個村，91個村民小組，有11403戶。