春秋戰國時期，先后屬吳、越、楚，因位于吳故都婁門之東，名婁邑。

秦置疁（liú）縣，屬會稽郡。

王莽始建國年間，更為婁治。

東漢時期稱婁縣。

以后歷經漢、三國兩晉、南北朝的宋齊時，沿襲不變。

梁天臨六年（507），分婁縣置信義縣，屬信義郡。

梁大同二年（536），分信義縣置昆山縣。

隋開皇九年（589），撤昆山縣并入吳縣；十八年（598），復置昆山縣，屬蘇州。

唐天寶十年（751），析昆山南境、嘉興、海鹽的東北境置華亭縣，昆山縣治移至馬鞍山南今址。

宋嘉定十年（1217），析昆山東南境5鄉置嘉定縣。

元貞元年（1295），升昆山縣為昆山州，仍屬平江路。

明洪武二年（1369），降昆山州為縣，屬蘇州府。

明弘治十年（1497），析昆山、常熟、嘉定三縣部分地域置太倉州。

清雍正二年（1724），分昆山縣置新陽縣，兩縣同城分治，同屬蘇州府。

1912年，昆山、新陽兩縣合并，名昆山縣，屬江蘇省上海道。

1914年，屬蘇常道。

1934年，屬無錫行政督察區。

1949年5月，屬蘇州專署；7月，建立昆山縣人民政府。

1968年3月，屬蘇州專區。

1971年4月，屬蘇州地區。

1983年3月，屬蘇州市。

1989年9月，昆山撤縣設市。