芙蓉區系長沙市的中心地帶。

1934年，屬長沙市第一區。

1937年，劃分為南陽鎮（南陽街片）、端履鎮（八角亭片）。

1938年，文夕大火后，長沙市暫并入長沙縣，歸長沙縣城南鎮管轄。

1941年，為長沙縣城東鎮。

1942年，恢復長沙市，為城東區。

1949年10月，成立城東區人民區公所，為長沙市人民政府派出機構。

1951年，改城東區區公所為東區人民政府，升為縣一級政權。

1955年6月，區人民政府改成區人民委員會。

1960年5月改設為天心閣人民公社，1961年9月復名為城東區，1968年9月改設為東區，1975年，新建長沙火車站時，將郊區的東屯渡公社五一大隊和火星大隊成建制搬遷至京廣復線以東，該兩大隊所轄地域并入東區。

1995年4月，增設五里牌街道，增加5個居委會。

1996年7月，撤銷東區，設置芙蓉區。

2002年9月，湘湖管理局與辦事處合署辦公。

2011年12月底，進行區劃調整，拆分馬王堆街道、東岸街道，合并都正街、解放路、瀏正街、府后街街道。

此次調整后，芙蓉區共轄13個街道。