清朝康熙年間屬花米村。

清同治五年屬王二保，歸西鄉管轄。

民國期間屬大峽鄉第五保。

1948年稱花園村，1951年推行土改，稱花園鄉，1955年推行合作化，稱花果農業合作社，屬鮑峽區管轄。

1958年人民公社化，改名為花園大隊，屬紅旗人民公社管轄。

1961年，花園大隊屬鮑峽區管轄。

1975年撤區并社，花園大隊屬鮑峽人民公社管轄。

1981年，更名為小花果大隊，屬鮑峽人民公社管轄。

1984年撤社并區，撤隊改村，為小花果村，屬鮑峽區姚家鄉管轄。

1987年撤區建鄉（鎮），小花果村屬鮑峽鎮小花果管理區管轄。

2001年行政體制改革，小花果村屬鮑峽鎮管轄至今。