清朝康熙年間屬花米村。

清同治五年屬王二保，歸西鄉管轄。

民國期間屬大峽鄉第六保。

1948年為鮮魚村，1951年推進土改，稱鮮魚鄉，1955年推行合作化，稱幸福農業合作社，屬鮑峽區管轄。

1958年人民公社化，改名為幸福大隊，屬紅旗人民公社管轄。

1961年，幸福大隊屬鮑峽區管轄。

1975年撤區并社，幸福大隊屬鮑峽人民公社管轄。

1981年，更名為鮮魚寺大隊，屬鮑峽人民公社管轄。

1984年撤社并區，撤隊改村，為鮮魚寺村，屬鮑峽區姚家鄉管轄。

1987年撤區建鄉（鎮），鮮魚寺村屬鮑峽鎮小花果管理區管轄。

2001年行政體制改革，鮮魚寺村屬鮑峽鎮管轄至今。