1949年民主建政后，設立木瓜園行政村，負責人稱村長；1958年實行人民公社建制，實行生產資料分別歸公社、生產大隊、生產隊三級組織所有的體制；設立紅旗生產大隊管理委員會，簡稱紅旗生產大隊、紅旗大隊，負責人稱大隊長；1959年5月，以駐地命名，更名為木瓜園產大隊管理委員會；1966年5月，我國“文化大革命”開始，更名為紅旗生產大隊革命委員會，負責人稱主任；從1978年11月黨的十一屆三中全會開始，對我國“文化大革命”的錯誤進行撥亂反正；1980年，復名紅旗生產大隊管理委員會。

1984年5月，實行農村體制改革，撤社并區建鄉，政社分開，撤銷紅旗生產大隊管理委員會，選舉產生木瓜園村民委員會，簡稱木瓜園村委會，負責人稱主任；2001年小村并大村，屬原建制村；轄6個村民小組。