春秋戰國時期為楚國封地。

公元140年屬臨沮（高安、遠安）縣管轄。

元朝屬南鄉。

明屬豐泉里。

清朝時，麻羊河以南屬清溪鋪、木瓜鋪村一帶屬木瓜鋪，花林寺村一帶屬后砦鋪。

1921年屬南鄉，1934年為第二區，轄11聯保、31保、316甲，1941年劃為清溪鄉、龍華鄉。

1948年8月6日，遠安縣解放，設太平鄉、清溪鄉，屬遠安縣第一區管轄。

1950年6月，花林區域內設12個小鄉，1955年1月，第一區政府由城關遷址花林寺，下轄仍為12個小鄉，1956年3月，將石頭店以下的柳林、三橋、清溪、巒峰等地劃歸當陽縣。

1956年夏秋，分設花林鄉、高樓鄉，轄25個高級農業合作社。

1958年9月公社化時為幸福公社，轄花林、高樓、太平、龍鳳四個大隊（管理區級）。

1961年5月正式成立花林區公所，轄花林、花園、舊縣、龍泉、高樓、太平、龍鳳七個管理區、52個大隊。

1975年3月，成立花林人民公社管理委員會，將鳳山、汪家、花園、季家等大隊劃歸城關鎮管理，將安鹿、高巖、董家、鹿苑、紅巖等大隊劃歸舊縣公社管理。

1981年更名為花林寺人民公社管理委員會。

1984年更名為花林寺區公所。

1987年撤區并鄉設立花林寺鎮。

2003年11月，鎮治由花林寺遷址石頭店。