明朝屬仁厚里；清代屬三都；民國屬上永安鄉；1950年后，屬老屋徐鄉，稱為高坑村；1954年調整行政區劃，屬畈泥鄉；1958年人民公社化時，屬畈泥管理區，改稱為高坑生產大隊；1962年設區建公社，屬建設人民公社；1975年撤區并公社，屬畈泥公社；1984年恢復區、鄉鎮制，屬環城區畈泥鄉，復稱高坑村；1987年撤區設鄉鎮，屬畈泥鄉；1999年撤鄉并鎮時，合通羊、畈泥、湄港三個鄉鎮為通羊鎮，高坑村隸屬通羊鎮管轄至今。