明朝屬崇仁里；清代屬二都；民國屬崇仁鄉；1950年后，屬南林區南林鄉，稱為團墩村；1958年人民公社化時，屬南林人民公社南林管理區，改稱為團墩生產大隊；1962年設區建公社，屬南林區南林公社；1975年撤區并公社，屬南林公社，團墩生產大隊更名為團結二大隊；1984年恢復區、鄉鎮制，屬寺下區石門鄉，復稱團墩村；1987年撤區設鄉鎮，屬南林橋鎮；1999年撤鄉并鎮時，合南林橋鎮、港路鄉為南林橋鎮，團墩村隸屬南林橋鎮管轄至今。