原三屋畈村，1956年為閻河區周家沖鄉紅星二社，1958年為龜山茶場磨子山分場三中隊，1960年為龜山茶場三八分場三大隊，1965年為龜山區熊家鋪公社三大隊，1967年為龜山茶場磨子山六大隊，1975年為龜山茶場三屋畈大隊，1984年為熊家鋪區邊店鄉三屋畈村，1987年為熊家鋪鄉三屋畈村，2001年熊家鋪鄉并入龜山鄉為龜山鄉三屋畈村，2009年撤鄉建鎮為龜山鎮三屋畈村。

原邊店村，1956年為閻河區周家沖鄉紅星三、四、五社，1958年為龜山茶場周家沖三、四、五中隊，1964年為龜山區熊家鋪公社二大隊，1967年為龜山茶場月形塘分場二大隊，1975年為龜山茶場月形塘分場邊店大隊，1984年為熊家鋪區邊店鄉邊店村，1987年為熊家鋪鄉邊店村，2001年熊家鋪鄉并入龜山鄉為龜山鄉邊店村，2009年撤鄉建鎮為龜山鎮邊店村。

2015年末行政區劃調整，三屋畈村、邊店村合并為現在的邊店村，屬麻城市龜山鎮管轄至今。