1885年-1911年屬興仁鄉博愛里清湖保管轄，1912年屬鎮福鄉（燕子坪）管轄。

1929年縣蘇維埃成立，為三溪保，屬三區（駐地燕子坪)桃山鄉管轄。

1934年強化保甲制度，為三溪甲，屬二區（駐地溪甲，今溪坪)百順橋聯保桃山保管轄。

1935年縮減并區，為三溪甲，屬三區（駐地燕子坪）百順橋聯保桃山保管轄，1941年廢聯保設鄉，屬下坪區燕子鄉桃山保管轄。

1950年廢舊制改保為村，為三溪村，屬二區（駐地燕子坪）桃山鄉管轄。

1951年建立鄉政權，村改稱鄉，為三溪村，屬燕子區桃山鄉管轄。

1955年屬二區（駐燕子坪）桃山鄉管轄。

1956年縮減并鄉，屬燕子區桃山鄉管轄。

1958年人民公社化時期，合作社改稱大隊，為三溪大隊，屬燕子人民公社（衛星人民公社）桃山管理區管轄。

1959年人民公社整頓，為三溪大隊，屬燕子公社桃山管理區管轄。

1960年恢復區建制，為三溪大隊，屬五里區清湖公社管轄。

1965年設燕子區，屬燕子區桃山公社管轄。

1975年撤區并社，為三溪大隊，屬清湖公社三溪管理區管轄。

1984年恢復區鄉行政區劃，為三溪村，屬燕子區桃山鄉管轄。

1997年1月撤區建鄉，三溪村屬燕子鄉桃山管理區管轄。

2001年6月，撤銷管理區，三溪村屬燕子鄉清湖工作片區管轄。

2013年燕子鄉撤鄉建鎮，三溪村屬燕子鎮管轄5組至今。