清朝康熙年間該地得名紅馬廟，屬谷城縣管轄。

民國初年屬由義區黃家營村。

民國二十五年屬4區白果鄉。

民國三十三年屬石花鎮。

建國前夕屬石花區。

1949年隸屬第二區（石花區）管轄。

1951年6月，屬石花區白果鄉。

1955年初級社時取名紅旗社，1956年取名紅中社，屬縣轄白果樹鄉。

1958年人民公社化時期更名為紅中大隊，屬石花公社白果管理區。

1961年恢復區制，屬石花區白果公社。

1975年撤區并社，屬石花人民公社白果管理區。

1981年更名為紅馬廟大隊，屬石花鎮白果管理區。

1984年更名為紅馬廟村，屬石花鎮白果管理區。

1995年，屬石花鎮。

2002年與鐵匠溝村合并為紅馬廟村，屬石花鎮管轄至今。