明朝嘉靖年間屬惠化鄉；清朝康熙年間屬惠化鄉；民國時期屬余界鄉；1949年5月屬余店區；1956年為余店6社，屬余店區余店鄉；1958年成立人民公社，為6大隊，屬七一公社合作管理區；1959年為6大隊，屬余店公社合作管理區；1961年4月恢復區(鎮)建制，為6大隊，屬余店區合作公社；1969年更名為墩子大隊，屬余店區合作公社；1975年2月撤區并社，為墩子大隊，屬余店公社；1983年底設區建鄉，為墩子村，屬余店區西余店鎮；1987年9月撤區并鄉，為墩子村，屬余店鎮至今。