唐朝時薛丁山這妻樊梨花曾在此山扎營巡邏，留下馬蹄印而得名；清時設馬嘶山塘，歸正北路所轄。

后改保甲鄉里為團，實行聯保甲制。

馬蹄山歸五區（兩河口）民團所轄；民國20年（1931年）賀龍率紅三軍來房縣開辟均房蘇區，建立蘇維埃政權，設馬蹄鄉長，機關住馬蹄山，歸大木區蘇維埃政府轄；1932年民國房縣偽政權復辟，區政府遭破壞；民國25年（1936年）五區設馬金洞，馬嘶山鄉歸五區所轄；民國24年（1935年）撤區鄉，恢復聯保制，設馬嘶山聯保歸五區（土城）轄；1949年全縣解放；1951年設馬蹄山生產大隊；1956年3月設大馬鄉，馬蹄山歸大馬管轄；1958年11月，根據中共中央關于農村建立農村人民公社的決定，馬蹄山大隊歸大馬管理區轄，屬通省公社管轄；1961年6月通省增設土城人民公社，歸土城區所轄；1975年3月撤區并社，歸土城公社管轄；1981年3月設區建鄉，馬蹄山村歸土城區大馬鄉管轄；1984年設立村民委員會，將土城區通省，馬蹄山，東浪，黃楊樹劃出組成通省鄉。

馬蹄山村歸能省鄉所轄；2003年合組并村，將原五條溝村，楊家山村，小河村，馬蹄村合并為為馬蹄山村委會。