秦漢時期，北方多戰亂、饑荒，河南、山西、山東、河北農民南遷流往荊襄，荊襄流民沿漢江、堵河尋求生存之地，陸續定在于此地，開山辟地，櫵采而食生存繁衍。

后居民在此開始在此地農耕，“插木為標，挽草為記”，標注自己開墾的范圍；民國20年（1931）賀龍率紅三軍來房縣，開辟革命根據地后，小峪村隸屬下店二區蘇維埃政府管轄；民國21年（1932）舊政權復辟，民國政府設立一區；民國23年，小峪村由一區管轄的軍店鎮管轄；1949年8月，房縣解放，小峪村由當時軍店區管轄；1952年8月7日，設立小峪鄉，隸屬二區管轄；1956年，小峪村隸屬軍店區管轄；1958年11月11日，根據中共中央關于建立農村人民公社的決定，小峪村由軍店公社化龍管理區管轄；1964年底，小峪村隸屬軍店區管轄；1984年，成立小峪村村民委員會，隸屬軍店鎮管轄；2001年，土城村并入小峪村，沿用小峪村之名；2005年，土坎村與小峪村合并，沿用小峪村村民委員會至今。