清為兩河口會，民國時屬廉讓鄉。

1949年7月設巡店區，深溝村系巡店區管轄；1952年10月巡店區調整為第二區，深溝村系第二區管轄；1956年3月為第三指導組，深溝村系第三指導組管轄；1958年巡店區命名幸福人民公社，深溝村改為深溝大隊，系幸福人民公社管轄；同年底恢復原區名，深溝大隊系巡店區管轄；1975年撤區并社為巡店人民公社，深溝大隊屬巡店人民公社管轄；1987年巡店撤區建鎮，析原巡店區的辛榨鄉、高店鄉合并為辛榨鄉。

深溝大隊改名為深溝村，屬辛榨鄉管轄。