明代分屬興文、岔曲、南王保。

清代西部屬南王保和岔曲保，東北部屬文興保。

民國初年因之。

1921年屬南區。

1929年屬第三區。

1934年屬第一區，分設皇帝廟、吳集、小商橋、洪山廟、石佛陳等聯保處。

1941年分屬商橋鎮、陳莊鄉。

1948年屬商橋區。

1949年分屬臺陳區、瓦店區。

1956年設皇帝廟中心鄉。

1958年成立皇帝廟公社。

1959年與王曲公社合并，屬王曲公社。

1961年屬臺陳區。

1962年從臺陳區劃出，設立皇帝廟區。

1965年復皇帝廟公社。

1984年改設皇帝廟鄉。