唐、宋間屬清云鄉腹地。

明、清中北部屬趙市里，西南部屬長江河里。

民國初屬長興區。

1940年屬長黃鄉。

1947年至1948年先后屬盧大街區、張老埠區。

1949年屬張老埠區，同年底改屬陳淋區。

1951年西部幾鄉劃屬武廟集區。

1956年建祖師廟中心鄉、王樓中心鄉。

1958年設祖師、萬崗管理片，屬紅蘇（大）公社（駐武廟集）。

1959年改屬陳淋（大）公社。

1961年改建祖師、萬崗等（小）公社，屬陳淋區。

1962年重建祖師公社。

1983年改設祖師廟鄉。

2013年改置祖師廟鎮。