清初開辟茂興至璦琿驛路后，為解決“茂興”至“古魯”兩站之間相距過遠之弊，清雍正五年(1727)于此增設烏蘭諾爾站，稱“新站”。

中華民國時期，郭爾羅斯后旗設新站鄉，隸屬第十二區管轄。

東北淪陷后，初設新站保，后改設新民村。

1945年“九三”抗日戰爭勝利后，設置新民區，1946年末改為新站區，1949年改為第七區。

1952年2月，設置新站鎮。

1956年4月，將郭爾羅斯后旗改為肇源縣，隸屬肇源縣管轄。

1958年9月，改稱新站人民公社。

1984年3月，改為新站鎮。