雍正十三年（1735）清政府開辟茂興至呼蘭的軍事道。

清乾隆元年(1736)七月，清廷批準，設立烏蘭諾爾站(今肇源縣新站鎮)至呼蘭城驛路，于此設察布奇爾臺，依序為第二臺站，故稱“二站"。

清光緒三十一年（1905），于二站添設郭爾羅斯后旗巡防局，翌年改設肇州廳，移駐“駱駝脖子”。

1906年改為肇州廳，并遷往肇源城。

1913年郭爾羅斯后旗設置二站鄉。

1945年“九三”抗日戰爭勝利后，1946年設置二站區，1949年改為第三區。

1956年3月，設置二站鄉。

同年4月，改隸肇源縣。

1958年9月，將福興鄉并入改稱二站人民公社。

1961年將原福興鄉劃出，成立福興公社。

1984年3月，將二站公社改為二站鄉。

1985年5月，改設二站鎮。