清光緒二十九年(1903)，中東鐵路建成后，哈爾濱被辟為商埠，清光緒三十年(1904)，中東鐵路局將哈爾濱劃為新市街新埠頭、舊埠頭和老哈爾濱四個區，南崗區歸屬新市街警察署。

1937年7月后，南崗地區設南崗、馬家兩個區事務所。

1946年哈爾濱解放,于1947年按舊的行政區域劃分，組建了南崗、馬家兩個區，1949年將南崗、馬家兩區合并為南崗區公所，1950年南崗區公所改為南崗區人民政府。

南崗區名稱沿用至今。

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