清光緒二十七年（1901），有尹乃廷、單玉奇5戶墾民來此合買官地九“井”（每井為36方）墾殖立屯，取名“五福堂”。

翌年，因“五福”與“無福”諧音，故改名“九井屯”。

中華民國時期，隸屬訥河縣第二區管轄。

東北淪陷后，初隸訥南鎮區，1938年1月改設九井村。

1945年“九三”抗日戰爭勝利后，隸屬訥南區，后改隸第六區管轄。

1949年9月，從第六區劃出增設第十三區，1955年5月改為九井區。

1956年4月，撤區劃鄉，分設九井、謙益、育民3個鄉。

1958年9月，將3個鄉合并成立運河人民公社，翌年3月改稱九井公社。

1984年4月，改為九井鄉。

1996年9月，改為九井鎮。

名稱沿用至今。