清代，屬寧古塔副都統管轄。

清光緒八年（1882），設置穆棱河屯田局，駐釣魚臺“卡倫舊房”（今穆棱鎮南）。

清光緒九年（1883），改設穆棱河招墾局，移駐上城子（今興源鎮）。

清光緒二十七年（1901），中東鐵路通車設站，稱“九站”。

此后墾民日漸增多，大批俄國人也乘機流入，設屯建宅定居，商業漸趨繁茂。

清宣統元年（1909）隸屬穆棱縣管轄。

1912年，屬第一警察區。

1922年劃為第五區。

1923年改設穆棱站鎮。

1927年改稱偏臉河鎮。

1933年設穆棱站保。

1938年10月，偽穆棱縣公署移駐于此，1939年1月改稱穆棱街。

1946年4月，設置穆棱區。

1947年1月劃歸南穆棱縣（后改穆棱縣），為縣政府駐地。

1947年10月穆棱縣政府移駐八面通后，設置穆棱區，1949年2月改為第五區。

1956年3月，撤區劃鄉，分設穆棱鎮和泉眼、河南2鄉。

1958年9月，穆棱鎮與泉眼、河南2鄉合并成立穆棱人民公社。

1964年9月，將鎮外泉眼等11個生產大隊劃出組建九站人民公社。

1965年6月撤銷九站人民公社，并入穆棱人民公社。

1972年8月，將共和、牛心、太平、新河4個生產大隊劃歸新組建的共和人民公社。

1980年9月，撤銷穆棱人民公社，設置穆棱鎮。

名稱沿用至今。