清乾隆元年（1736）在大堡和水師中間建屯故名腰堡，1935年日偽在蒙古圖設保公署（鄉級），1939年實行“街村”制，治所遷至腰堡改為腰堡村公所（鄉級）。

解放后隸屬方臺、雙井區、九區。

1956年3月根據省關于“并村劃鄉”指示，建立腰堡鄉。

1959年3月人民公社化時以腰堡為界，以西劃為呼蘭鎮公社，以東劃為西沈公社，1961年5月成立腰堡人民公社。

1984年4月撤銷公社實行鄉（鎮）建制改為腰堡鄉，1995年7月撤鄉設立腰堡鎮。

2001年8月鄉鎮區劃調整時劃歸呼蘭鎮。

2004年2月呼蘭縣撤縣設區，同年12月將呼蘭鎮劃分為4個街道，設立腰堡街道至今。