清康熙十二年(1673年)，木門店鎮境域始設木門鎮。

民國二年（1913年），屬青縣西區（辛集）。

民國三十六年（1947年），為青縣六區。

1953年，分屬木門店、崇仙、前吳召、前仔儀4鄉1957年7月，4鄉合并為木門店鄉、崇仙鄉。

1958年，為東方紅（曹寺）公社木門店管理區。

1961年，析出設木門店公社。

1984年3月，改為木門店鄉。

1985年3月，崇仙鄉改為鎮；12月，崇仙鎮、木門店鄉合并為木門店鎮。