民國三十六年（1947年），馬廠鎮境域分屬流河區、劉世印屯區。

1953年3月，分設馬廠、王維屯、孫官屯、舊張屯、王勝武屯、楊官店、陳缺屯、伊莊子、劉世印屯9個鄉，分屬流河區和大杜莊區。

1957年，9鄉合并成王維屯、陳缺屯2鄉。

1958年9月，2鄉合并建慶豐公社。

1958年11月，屬靜海縣。

1961年6月，復屬青縣，分為馬廠、陳缺屯2個公社。

1984年3月，分別改為馬廠鄉、陳缺屯鄉。

1995年12月，陳缺屯鄉、馬廠鄉合并為馬廠鎮。