明，屬堤里社。

清，歸南董營。

民國，全縣劃分五個區，屬三區（西區）。

1938年4月，藁城縣抗日民主政府成立，全縣劃分八個區，歸六區。

1947年11月藁城恢復原建制，先后劃分八、十三個區，先后為六、八區管轄。

中華人民共和國成立后，先后劃分十、七個區，先后為六、五區管轄。

1953年7月，全縣劃分96個鄉，設立九門回族自治鄉，下轄九門1村。

1955年改稱南董區九門回族自治鄉。

1956年6月，撤區并鄉，再設九門回族自治鄉，下轄4村，1958年8月“人民公社化”時，歸南董人民公社管轄，1961年5月，縮小公社規模，設九門人民公社，下轄5個生產大隊。

1984年1月，公社改鄉鎮建制，設九門回族鄉，下轄5個村民委員會。

1996年，撤鄉擴鎮，撤銷只都鄉，并入九門回族鄉，下轄13村民委員會至今。