民國二十四年（1935年）3月前，五指山市境內的紅毛下峒（今毛陽鎮）、番陽峒（今番陽鎮）屬崖縣管轄，水滿峒（今水滿鄉）、同甲峒（今南圣鎮）屬定安縣管轄，指（志）瑪弓（今南圣鎮）屬陵水縣管轄；同年3月，廣東省人民政府新設保亭、白沙、樂安（因與江西樂安縣同名，當年9月改為樂東縣）三縣，隸屬瓊崖綏靖委員會公署。

民國二十五年（1936年）12月，隸屬廣東省第九區行政督察專員公署。

通什地區分屬保亭縣、白沙縣、樂東縣。

民國三十七年（1948年），通什鄉劃歸保亭縣管轄。

1953年7月，廣東省海南黎族苗族自治區從樂東縣抱由鎮遷駐通什鄉。

1955年10月，海南黎族苗族自治區改為海南黎族苗族自治州，通什鄉為自治州首府駐地。

1963年11月，海南黎族苗族自治州黨委和州政府決定，劃保亭縣通什鎮紅旗公社歸廣東省海南黎族苗族自治州直接領導。

1983年5月，境內人民公社改為區公所。

1986年6月，國務院批準設立通什市（縣級），以保亭縣的暢好、紅山、毛道、南圣區，瓊中縣的五指山、毛陽區，樂東縣的番陽區及海南黎族苗族自治州直轄的通什鎮為通什市的行政區域，隸屬廣東省海南黎族苗族自治州。

1987年1月，通什市正式掛牌；同年12月，海南黎族苗族自治州撤銷，通什市隸屬海南行政區和海南建省籌備組。

1988年4月，海南建省辦經濟特區，通什市隸屬海南省管轄，享受民族自治地方優惠政策。

1995年7月，管理區改為村民委員會，經濟合作社改為村民小組。

2001年2月，海南省人民政府向國務院請示將通什市更名為五指山市；同年7月，經國務院批準，通什市更名為五指山市。

2020年2月，海南省人民政府同意五指山市退出貧困縣序列。