清末，南呂地區為定安縣南鄉南黎都。

民國十七年至民國三十五年（1928~1946年），屬定安縣。

民國三十七年（1948年）3月，劃歸瓊中縣。

1949年，劃歸定安縣定西特別區轄。

1957年，撤區并鄉，設南呂鄉。

1958年，與楓木、烏坡合并成立鋼鐵公社（后改為南呂公社）。

1961年5月，大公社改為小公社，南呂管區成立南呂公社。

1983年12月，恢復區鄉建置，稱南呂區。

1987年3月，撤區建鄉鎮，南呂區改稱南呂鎮。