早在宋代，博鰲就有疍家人居住和繁衍生息。

宋天圣元年（1023年），疍家人集資在博鰲建起三江廟，此時在此居住的疍家人已有一定數量和規模。

博鰲鎮因濱博鰲港而得名。

明初稱博鰲浦鄉，明末改稱博鰲鄉，居者為疍民。

清襲明制，沿稱至中華民國十八年（1929年）。

民國十九年（1930年），撤銷博鰲鄉，劃歸樂會縣首善鎮（民國三十六年改稱附城鎮）管轄。

1950年7月，博鰲屬樂會縣二區（樂城）管轄。

1955年6月，設立博鰲鄉，屬樂城區管轄。

1958年10月，撤銷博鰲鄉，劃歸朝陽公社管轄。

1958年12月1日，樂會、瓊東縣合并為瓊海縣。

1961年3月，從朝陽公社分出設立博鰲公社。

1983年9月，改稱博鰲區，下轄博鰲、東海、東嶼、田埇、珠聯、朝烈等6個鄉。

1987年，博鰲區改為博鰲鎮，下轄6個鄉改為6個行政村。

2003年，撤銷九曲江鄉的北山、北岸、沙美、培蘭等4個行政村與朝陽鄉、博鰲鎮合并，設立博鰲鎮，鎮政府駐地在原博鰲鎮。