1959年，西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處設立，由海南行政區管轄。

1988年，西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處劃歸新成立的海南省管轄。

2012年6月21日，民政部公告宣布，國務院正式批準，撤銷西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處，建立地級三沙市，西沙群島、中沙群島由三沙市直轄。

2020年4月18日，中華人民共和國民政部發布公告，經國務院批準，海南省三沙市設立南沙區。

三沙市南沙區管轄南沙群島的島礁及其海域。