1941年至1950年涌溪鄉設三保芽溪，1950年6月改保為村。

1953年4月，芽溪從涌溪鄉劃出，建立芽溪鄉公所。

轄芽溪、田壩、鼓樓坪3個村。

1958年改為芽溪生產大隊，隸屬芽溪公區。

1961年1月，撤銷芽溪工區，與涌溪工區合并為涌溪公社。

1963年，芽溪大隊，田壩大隊合并為芽溪大隊。

1984年9月芽溪大隊分為芽溪、田壩兩村。

2004年12月芽溪、田壩、鼓樓溪三個村合并為芽溪村，至2017年未改變。