木耳村村民委員會，明萬歷二十九年（1601）后屬三江里，清光緒三十一年（1905）后屬西區，1928年屬廟塘區（四區）。

解放前隸屬教良鄉，1952年建木耳鄉，1956年與教良、茶臺合并為大公社，1963年分社，名木耳公社。

1984年隸屬廟塘區，改稱為村。

1992年7月，將原廟塘區的教良、木耳、板房3個鄉合并組建廟塘鎮，木耳村隸屬廟塘鎮。

2003年小村合成大村時，由原花大坪村、中崗村、陶腳壩村三個小村合并，根據原木耳管理區的名稱組成現木耳村。