民國32年（1943年），石阡實行新縣制，廢除之前的的區級組織，設置鄉鎮保甲。

設立聚鳳甲級鄉。

1950年2月行政區劃調整，設立三個區18鄉鎮。

隸屬三區。

1950年7月，改置3區為6區1鎮。

隸屬五區。

1953年，設立白沙區馬屯鄉。

1958年，馬屯鄉改稱馬屯公社；馬家屯村改稱馬家屯大隊。

1984年，馬屯公社改稱馬屯鄉；馬家屯大隊改稱馬家屯村。

期間隸屬白沙區馬屯鄉（公社）1992年“撤并建”，由白沙區的寶龍鄉、聚鳳鄉、馬屯鄉合并，設置聚鳳仡佬族侗族鄉。

2003年全縣推進“撤小村并大村”工作，馬家屯村并入馬屯村。

2010年，經石阡縣人民政府石府復[2010]70號批準，全鄉再次對行政村進行調整，恢復馬家屯村。

1991年至今隸屬聚鳳仡佬族侗族鄉。