相傳距現木孔街2公里的坪上，有一棵千年無名古樹，參天聳立，古樹徑大心空，非常奇特，樹肚內能擺放一張大方桌和四根板凳供人們棋牌娛樂，樹木古老“空”為“孔”，因此而得名“老木孔”。

明清時，此地又名“臨江場”，是烏江支流偏巖河畔的一個渡口。

1949年，置木孔鄉，因治所地在老木孔街上，去掉“老”字，取名“木孔”。

1953年，木孔鄉析設木孔鄉和灣子鄉。

1958年，實行人民公社制度，同時撤銷木孔鄉和灣子鄉，分別并入安底公社和沙土公社。

1962年，析建木孔公社、灣子公社。

1984年，木孔公社、灣子公社分別改為木孔鄉、灣子鄉。

1992年，撤銷沙土區的灣子鄉、安底區的木孔鄉，合并新建為木孔鄉。

2016年1月29日，貴州省人民政府批復同意撤銷木孔鄉建制，設置木孔鎮。

撤鄉設鎮后行政區域和政府駐地不變。