轄域在民國二十四年（1935）為芝奈村，屬三江縣丹陽區(qū)大灣鄉(xiāng)。

1950年屬田寨區(qū)。

1953年改稱良友鄉(xiāng)。

1951年屬第三區(qū)。

1952年改黃奈鄉(xiāng)，屬大苗山苗族自治區(qū)拱洞區(qū)。

1955年屬大苗山苗族自治縣拱洞區(qū)。

1958年改大隊(duì)，屬拱洞公社。

1962年改公社，屬拱洞區(qū)。

1966年屬融水苗族自治縣拱洞區(qū)。

1968年復(fù)改大隊(duì)，屬拱洞公社。

1984年改村，屬紅水鄉(xiāng)。

1996年改稱村民委員會，2020年根據(jù)民政部基層政權(quán)的文件要求，村民委員會現(xiàn)在改為黃奈村村民委員會。