建制始于明洪武二年（1369）。

清康熙四十四年（1705）設立英德縣浛屬懷義都流陳圖。

清道光十六年（1836）設立流陳鄉。

新中國成立后，設立水邊鄉，隸屬于英德縣第二區。

1952年3月設立英德縣第二區。

1955年8月設立水邊區。

1958年9月屬躍進人民公社。

1959年4月從躍進人民公社析出設立水邊人民公社；同年11月并入西牛人民公社。

1960年從西牛人民公社析出設立水邊人民公社。

1983年7月撤社設立水邊區公所，1986年11月撤區設立水邊鎮，沿用至今。

1995年9月劃歸清遠市飛來峽管理區。

2001年10月，從原清遠市飛來峽管理區劃回英德市。