明清時期屬海宴都。

民國至建國初期稱第十區(qū)，1956年為深井鄉(xiāng)，1958年改深井公社，1961年析置那扶公社。

1984年改深井區(qū)、那扶區(qū)，1986年分別撤區(qū)建深井鎮(zhèn)、那扶鎮(zhèn)。

1996年，深井鎮(zhèn)面積148.5平方千米，人口3.6萬人，鎮(zhèn)政府駐深井圩，距臺城71千米，轄深井圩、田洞、嶺背、金坑、坪朗、河西、大斜、蜆灘、牛圍、大東坑、井東、康華、下斗、山蕉坑、高洞、瀨山、馬頭、江東、東頭、灣肚、新江、小江、湖山、官沖24個管理區(qū)（行政村）；那扶鎮(zhèn)面積86.4平方千米，人口2.7萬人，鎮(zhèn)政府駐那扶圩，距臺城60千，轄藍田、那北、馬山圍、橫墩、沙潮、那中、汶水、龍崗、東星、那南、洪壩、大洞、長江、沙溪、泗門、蝦尾、一聯(lián)、將軍山、居民19個管理區(qū)（行政村）。

2001年，將原隆文鎮(zhèn)部分行政區(qū)域并入深井鎮(zhèn)。

深井鎮(zhèn)面積171.4平方千米，人口4萬人，轄深井圩居委會和江東、河西、井東、井西、獺山、河?xùn)|、小江、康華8個行政村；那扶鎮(zhèn)面積143.9平方千米，人口2.6萬人，轄9個村（居）委會，186個自然村。

2006年，撤銷那扶鎮(zhèn)，并入深井鎮(zhèn)。