石正原名“石窟”，原屬程鄉縣（今梅縣），明嘉靖四十三年（1564年）改屬平遠縣至今。

明崇禎七年（1634年）石窟都改名為石正都。

清康熙二十二年（1683年）廢都、堡建置，平遠設15個鄉，石正屬其中一個鄉，并一直保持到清末。

民國期間，石正先后劃為平遠縣第六區、第三區和石正鄉。

1949年5月，平遠解放后，石正屬第七區，轄7個村。

1950年3月，石正改屬第四區。

1952年6月，平遠、蕉嶺合縣時，石正屬蕉嶺第八區；1954年3月，平、蕉分縣后，石正屬平遠縣大柘區。

1956年12月，設立石正鄉。

1958年9月，石正鄉屬大柘人民公社。

1961年1月，石正和大柘分為兩個公社。

1983年12月，恢復區鄉建制。

1986年11月，撤區建鎮。

1999年3月，石正鎮撤管理區辦事處。