清以前屬福建詔安縣云澳區，稱荖園鄉。

1914年歸屬廣東省南澳縣第三區，稱荖園鄉。

1952年稱第二區青澳鄉荖園村。

合作化稱荖園生產大隊，1969年稱荖園村革命委員會，1980年恢復生產大隊。

1986年屬云澳鎮，稱荖園村委員會。

1989年屬云澳鎮，稱荖園管理區，1998年屬云澳鎮稱荖園村村委會，2004年調整村委規模與東澳村合并為東園村委員會，撤銷荖園村委會。

2017年撤銷東園村民委員會，荖園村與東澳兩村再次分設，成立荖園村村民委員會，并沿用至今。