據傳該地在宋朝已被起名儒村，后改名紅旗村；宋朝高宗皇帝趙禎，帝號“皇佑”，于皇佑六年（公元1049）經過本村，于是村民將村名改稱皇佑村；到1921年屬石磜鄉稱皇佑村；1950年稱皇佑村屬北磜鄉；1952年稱皇佑鄉；1959年屬梅東公社稱皇佑生產大隊，1960年梅東公社改稱松源公社，1961年屬北磜公社；1983年屬北磜區稱皇佑鄉，1987年屬北磜鄉稱皇佑村委會；1990年改為皇佑管理區；1999年至今稱為皇佑村民委員會；2004年撤北磜鎮并入南磜鎮。