南北朝時（公元420～581年），番禺沙灣、茭塘兩司還“地邊多海”，沙灣以南（即靈山、魚窩頭、東涌、潭洲一帶）未見有居民居住點的記載，處在茫茫大海之中，是水深6～7米的淺海。

北宋末年（公元1127年），金兵南侵和南宋末年元兵入侵，中原人士大量移民南下，番禺沙灣以南（即靈山、魚窩頭、東涌、潭洲一帶）的沙灘由人工堤圍的修建而加速形成。

清代，屬沙灣都。

民國時期，屬第一區。

建國初期，為沙鼻鄉。

1953年，今鎮境為東涌、石排、石基3個行政鄉。

1957年，撤區，并為東涌鄉。

1958年1月，并入魚窩頭鄉。

1958年至1961年上半年，先后屬靈山和魚窩頭公社。

1961年7月，從魚窩頭公社析出為東涌公社。

1984年，為東涌區。

1987年，為東涌鎮。

2006年1月25日，魚窩頭和靈山西樵村并入東涌鎮。

2012年12月1日，東涌鎮由番禺區劃入南沙區管轄。