東源縣地域為原河源縣主體。

南朝齊永明元年（483）從龍川析置河源，屬南海郡。

唐肅宗乾元元年（758）屬循州。

宋太祖開寶四年（971），屬禎州。

明太祖洪武元年（1368），屬惠州府。

清屬惠州府。

1925年屬東江行政區。

1949年屬東江專區。

1953年屬粵東行政區。

1956年屬惠陽專區。

1959年屬韶關專區。

1963年至1987年屬惠陽地區。

1988年1月，經國務院批準，撤銷河源縣，設立河源市，原河源縣分設河源市源城區和河源市郊區。

1993年11月8日，撤銷河源市郊區，設立東源縣。