明清時期，南莊分為綠潭堡，鰲頭、龍津、吉利堡和溶洲堡三個堡，分屬南海縣江浦司鼎安都和五斗口司西淋都（后“都”改稱“司”）。

清康熙三十年（1691），江浦巡檢司署由西樵簡村移至龍津堡（今南莊龍津村騰涌）。

清乾隆五十年（1785），南莊分為綠潭、鰲頭、龍津、吉利和溶洲堡，仍屬江浦司和五斗口司。

清宣統二年（1910），南莊分為綠潭、溶洲、吉利、鰲頭堡。

民國初期為紫羅澳、鰲龍吉、溶洲等鄉，分屬南海縣第六區、八區、十區。

1927年，分屬南海縣第六區、八區以及第四區。

1946年，分屬南海縣第一區、四區以及第五區。

1949年11月起，屬南海縣第一支前指揮所轄區。

1950年3月起，屬南海縣第一區。

1950年底起，分屬南海縣第一區和七區。

1953年4月，分屬南海縣第一區和十二區，南莊村為十二區駐地。

1955年10月，改稱沙岡區和南莊區，屬南海縣。

1957年撤區并鄉，10月改稱沙岡鄉和南莊鄉，屬南海縣。

1958年10月，成立南海縣南莊人民公社，同年12月沙岡公社的溶洲、東元大隊劃歸南莊公社。

1961年8月分為南莊、吉利、溶洲3個公社，1963年3月又合并稱南莊公社。

1983年11月，撤社改稱南莊區公所。

1987年2月，撤區改設南海縣南莊鎮。

2002年12月，隸屬佛山市禪城區。