自秦始皇三十三年（前214年）設置番禺縣后，鐘落潭一直屬番禺縣管轄。

清代，鐘落潭地區屬慕德里司流溪都赤逕堡管轄。

民國時，鐘落潭為番禺縣第七區所在地。

中華人民共和國后，鐘落潭先屬禺北辦事處管轄，后為番禺縣第八區。

1958年1月，禺北地區劃歸廣州市，成為廣州郊區的一部分。

1958年8月，成立鐘落潭人民公社。

1987年，改為鐘落潭鎮。

2004年6月，因白云區鎮級行政區劃調整，新鐘落潭鎮由原鐘落潭、竹料、良田、九佛四鎮合并而成。

2005年4月，因廣州市行政區劃再次調整，原九佛鎮被劃入新成立的蘿崗區，現在的鐘落潭鎮范圍主要由原鐘落潭、竹料、良田三鎮組成。