清道光年間，屬慕德里司番禺縣轄。

民國二十年（1931年），番禺撤司設區，石馬隸屬第六區均和聯鄉管轄。

1949年，屬禺北辦事處管理。

1950年，屬番禺六區管轄。

1952年12月番禺禺北進行調整，原番禺第六區改為第八區，以村建立小鄉，石馬劃入石馬鄉管轄。

1958年1月，劃歸廣州市郊區管轄，石馬鄉改稱石馬大隊，屬三元里人民公社。

1961年屬嘉禾人民公社。

1962年11月，重新劃歸三元里公社。

1984年2月公社撤銷，改名清湖鄉政府。

1987年撤清湖鄉政府設立清湖村民委員。

2002年7月由村改居，撤清湖村委會，設立清湖北居委會和清湖南居委會，沿用至今。